Shotgun（鸟枪法）蛋白质混合物鉴定
Shotgun（鸟抢法）蛋白质混合物鉴定的基本原理是蛋白质溶液或经过SDS-PAGE分离的蛋白质条带经过酶解后形成肽段混合物，肽段混合物经过一维液相色谱或二维液相色谱分离，串联质谱检测，然后通过在相应的数据库中检索，从而鉴定蛋白质
iTRAQ蛋白质相对定量分析
iTRAQ是美国应用生物系统公司ABI研发的一种多肽体外标记技术，采用4种或8种同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，进行串联质谱分析，可同时比较4种或8种不同样品中蛋白质的相对含量或绝对含量。
PMF 鉴定(肽质量指纹图谱鉴定)
来源于电泳的蛋白点，蛋白条带，或者液相制备的纯品固体，液体等，经过适当酶解后，通过高效液相 HPLC，或者质谱 MS进行酶切组分的质量谱检测。
Label-Free蛋白质相对定量分析
Label-Free是近年来重要的质谱定量方法，通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化。该技术无需昂贵的同位素标签做内标，提高了低丰度蛋白质的检测效率和蛋白质定量的准确性。