bottom-up分析策略：存在于溶液或者凝胶电泳条带中的蛋白质经过蛋白酶（如胰蛋白酶）酶解消化成较小肽段片段，再进入质量分析器，最后通过肽指纹图谱或者串联质谱法进行肽段鉴定。

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鉴定翻译后修饰的蛋白质，找出修饰类型和位点，并对修饰蛋白进行功能分析，获得其在信号转导途径中的功能等信息。

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蛋白质糖基化位点鉴定最常用的是多级质谱法，蛋白质经Trypsin酶切消化成肽段后，再用PNGase F进行糖链的酶切，得到肽段和糖链两个部分。对于肽段，通过高分辨一级质谱可发现与肽段分子量理论值比较存在0.986Da的质量漂移，则可确定发生了糖基化，二级质谱同时可测定中性

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双向电泳(Two-dimensional electrophoresis)的基本原理是利用蛋白质的等电点和分子量不同而分离蛋白质：第一向电泳——等电聚焦（IEF）根据蛋白质的等电点不同将蛋白质分离，第二向电泳——十二烷基硫酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS—PAGE）利用蛋白质的分子量大小不同将

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IFNγ (干扰素γ) IL-1β (白细胞介素 1β) IL-6 (白细胞介素 6) TNFα (肿瘤坏死因子α)

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